Nastava na Fakultetu je počela krajem januara 1941. godine i trajala do izbijanja rata, aprila iste godine. Iako zvaničnog ukidanja rada Fakulteta od strane vlasti Nezavisne Države Hrvatske (NDH) nije bilo, fakultet je opustošen i prestao je sa radom do kraja Drugog svjetskog rata i oslobođenja zemlje. Krajem 1946. posebna komisija stručnjaka, u kojoj su bili prof. dr. A. Ogrizek, prof. dr. D. Nikolić, inž. V. Drecun, dr. D. Vukavić, inž. arh. B. Vukičević prof. dr. I. Šmalcelj, čiji je zadatak bio da nađu smještaj škole i eventualnih eksperimentalnih objekata. Izabrana je zgrada na Grbavici, u ulici Zagrebacka br. 18 i na toj lokaciji Fakultet je ostao smješten do izbijanja rata 1992. godine. Vlada FNR Jugoslavije usvojila je prijedlog ministra poljoprivrede Savezne vlade, dr. Vase Čubrilovića, da se osnuje Savezna visoka poljoprivredna škola za planinsko gazdovanje u Sarajevu i 31. decembra 1946, donijela Uredbu o njenom osnivanju. Prema Uredbi o osnivanju i Pravilniku o organizaciji, trajanju i radu, određeno je da je Savezna visoka poljoprivredna škola za planinsko gazdovanje u Sarajevu samostalna visokoškolska ustanova u rangu fakulteta. Nastava u školi traje četiri godine, odnosno osam semestara. Na školi se proučavaju sve grane poljoprivrednih nauka, a naročita je pažnja u nastavi posvećena disciplinama koje su bile od veće važnosti za razvoj i unapređenje poljoprivredne proizvodnje u brdskim i planinskim oblastima. Imenovana je komisija profesora matičara sa zadatkom da izabere prva tri nastavnika. Ova Komisija je izabrala prve nastavnike Savezne visoke poljoprivredne škole za planinsko gazdovanje u Sarajevu i to za redovne profesore dr. Dragomira Ćosića, direktora Saveznog zavoda za poljoprivredna istraživanja i v.d. načelnika Odjeljenja za naučni rad i Stručno obrazovanje u Beogradu i dr. Nikolu Zdanovskog, docenta Poljoprivredno-šumarskog fakulteta u Zagrebu i direktora Stočarskog instituta u Zagrebu, a za vanrednog profesora dr. Fahrudina Hrasnicu, savjetnika za stočarstvo Ministarstva poljoprivrede NR BiH u Sarajevu.
Profesorski kolegij na prvoj sjednici održanoj 10. maja 1947. je izabrao dr. Dragomira Ćosića za dekana Škole, a za prodekana dr. Nikolu Zdanovskog. Od tada počinje postojati Savezna visoka škola za planinsko gazdovanje, danas Poljoprivredno-prehrambeni fakultet u Sarajevu. Njen zadatak je bio da radi na obrazovanju poljoprivrednih stručnjaka i unapređenju poljoprivrede u cijeloj zemlji. Svečano otvaranje Škole obavljeno je 2. novembra 1947, a redovna nastava je počela 5. novembra 1947. U toku sljedeće školske godine, na inicijativu Ministarstva Šumarstva i Komiteta za fakultete i visoke škole pri Vladi NR BiH, počele su pripreme za osnivanje šumarskog odsjeka u okviru škole. To je ostvareno 17. decembra 1948. kad je Narodna skupština NR BiH, u saglasnosti sa saveznim organima, donijela Zakon o osnivanju poljoprivredno-šumarskog fakulteta u Sarajevu. Poljoprivredno-šumarski fakultet nastavio je rad Visoke škole, sa svojim Poljoprivrednim i novoosnovanim Šumarskim odsjekom, do 31. decembra 1958. godine. U procesu reorganizacije, krajem 1958. godine, Poljoprivredno-šumarski fakultet se razdvojio na dva samostalna fakulteta u istoj zgradi: Poljoprivredni fakultet i Šumarski fakultet. Oba fakulteta su počela odvojeno poslovati od 1. januara 1959. godine. Na osnovu preporuke Savezne narodne skupštine, na poljoprivredno-šumarskom fakultetu u Sarajevu, u 1958. godini uvedena su na njegovom Poljoprivrednom odsjeku tri smjera studija: ratarski, voćarsko-vinogradarski i stočarski. Usmjeravanje na ova tri smjera počelo je u školskoj 1958/59. godini za studente koji su te godine bili upisani u I ili II godinu studija, a za ostale, tj. III i IV godinu, produžen je raniji opći smjer studija. Na prijedlog Nastavno-naučnog vijeća Fakulteta, od školske 1977/78. godine počeo je sa radom i Odsjek za preradu i kontrolu poljoprivrednih proizvoda. Naziv odsjeka promijenjen je školske 1988/89. godine u Odsjek za tehnologiju poljoprivrednih i prehrambenih proizvoda. Odlukom Savjeta iz 1983. godine, počelo je u Mostaru školske 1983/84. godine sa radom Odjeljenje voćarsko-vinogradarskog odsjeka Poljoprivrednog fakulteta u Sarajevu. Upis u ovo odjeljenje prestao je školske 1988/89.godine. Fakultet je katastrofalno stradao već početkom rata 1992 – 1995. godine; potpuno je opljačkan i spaljen do temelja. Fakultet je u ratu ostao i bez polovine svojih kadrova. Zato je trebalo početi sve od početka.
Dobijanjem i opremanjem zgrade u bivšoj kasarni "Maršal Tito", sadašnjem kampusu Univerziteta u Sarajevu, opet su se stvorili uslovi, mada skromni, da Fakultet nastavi svoju važnu misiju, koja je kao i ranije višestruka – obrazovanje kadrova, naučni rad i stručne aktivnosti u poljoprivredi i prehrambenoj industriji. Reformom koja je izvršena 1998/99. godine na Fakultetu su ustanovljena dva odsjeka – Opći odsjek i Odsjek za tehnologiju poljoprivrednih i prehrambenih proizvoda. U okviru Općeg odsjeka funkcioniraju tri usmjerenja – Opće usmjerenje, Usmjerenje za biljnu proizvodnju i Usmjerenje za zootehniku.
Počevši od 2005/06. akademske godine, Fakultet upisuje studente na trogodišnje dodiplomske studijske programe, razvijene i provedene u skladu sa principima Bologna procesa. Na četiri odsjeka fakulteta (Biljna proizvodnja, Zootehnika, Prehrambene tehnologije i Ekonomika poljoprivrede i prehrambene industrije) organizuje se nastava na šest studijskih programa – Voćarstvo i vinogradarstvo, Ratarstvo i povrtlarstvo, Zootehnika, Prehrambene tehnologije, Ekonomika agroindustrije. Zajedno sa Odsjekom za biologiju Prirodno-matematičkog fakulteta Univerziteta u Sarajevu kreiran je i dodiplomski studij Akvakultura u okviru Odsjeka Zootehnika.
Fakultet svoj naziv mijenja u Poljoprivredno-prehrambeni fakultet krajem 2006. godine. Školske 2008/09 godine upisuje se i prva generacija studenata na dvogodišnji diplomski (Master) studij. Kao rezultat potreba da se za kadar, koji će biti angažiran u naučno-istraživačkom radu u visokoškolskim ustanovama i van njih, organizuje nastava koja vodi ka akademskom stepenu doktora nauka, Fakultet je krenuo u realizaciju studija III stepena (doktorski studij).
U školskoj 2014/15 godini upisana je treća generacija studenata III stepena (doktorski studij) na dvije naučne oblasti: Poljoprivredne nauke i Prehrambene tehnologije. Doktorski studij je organizovan kao trogodišnji i u njegovoj realizaciji, pored nastavnika sa Poljoprivredno-prehrambenog fakulteta učestvuju, kao vanjski saradnici, renomirani nastavnici sa drugih fakulteta Univerziteta u Sarajevu.
Obavljajući svoju izrazito značajnu gruštvenu zadaću, Fakultet je u svom dosadašnjem radu obrazovao 230 doktora nauka, 375 magistara nauka, 5.272 diplomirana inžinjera poljoprivrede i prehrambenih tehnologija, dok je diplome prema reformiranom nastavnom procesu do sada steklo 562 bachelora i 307 magistara. Ti kadrovi su vršili i nastavit će da izvršavaju veoma značajnu ulogu u unapređenju poljoprivredne proizvodnje i prehrambene industrije u Bosni i Hercegovini, a i drugdje, jer je na ovom fakultetu diplomirao i veliki broj stranih državljana.
